Table de révision
Consultation des spécimens
La table de révision est une métaphore de l'observation et de la manipulation de modèles 3D sélectionnés parmi l'ensemble des spécimens disponibles. Cette opération suit deux étapes :
Le choix et la sélection des spécimens à consulter ;
L'activation de la table, qui entraine l'entrée dans une sous-interface ad hoc, permettant de visualiser et de manipuler les spécimens sélectionnés, ainsi que de consulter la documentation connexe.
Choix des spécimens à consulter
Exploration des tiroirs
La manipulation des portoirs des meubles à collections, permettant d'accéder à l'ensemble du corpus de spécimen est une étape préliminaire à la sélection proprement dite. Elle est décrite dans une autre section de cette documentation.
Sélection et désélection
Sélection
La sélection d'un spécimen se fait par un simple clic gauche sur ce dernier. Il est alors automatiquement installé sur la table de sélection. Jusqu'à six spécimens, provenant de n'importe quel portoir, peuvent ainsi être disposés sur la table.
L'identification des spécimens (contenu des étiquettes) disposés sur la table est en parallèle affichée dans la palette de consultation à gauche de l'écran.
Activation d'un spécimen
Dans la palette de sélection, le dernier spécimen sélectionné s'affiche en vert ; les autres restent en blanc. Il est le spécimen actif. On peut activer n'importe quel spécimen de la table, en cliquant simplement dessus. Son identification dans la palette de consultation passe alors en vert.
Un et un seul spécimen peut être activé à la fois. Le caractère activé ou non de l'un des spécimens sélectionnés intervient dans le fonctionnement de la manipulation ultérieure de ces spécimens, à la table de révision.
Désélection
Il est à tout moment possible de désélectionner un spécimen de la table, en l'activant puis en utilisant la touche Retour Arrière (Delete). Il est alors renvoyé dans son portoir d'origine, et son identification dans la palette de sélection est également évacuée.
Activation de la table
La dernière étape, avant de passer à la phase d'observation proprement dite des spécimens, consiste à activer la table de révision, en cliquant dessus, ce qui entraine un changement d'interface. Le caractère activé de la table est également indiqué par le voyant on de la plaque présente en bas à droite de la table, qui passe alors au vert.
Il est à noter que l'on ne peut activer la table que si au moins un spécimen est disposé dessus.
Si l'on souhaite remplacer les spécimens en présence par d'autres, on peut à tout moment désactiver la table, en cliquant sur le voyant off de la plaque sus-indiquée, qui repasse alors au rouge. On retrouve alors l'interface de navigation générale.
À la table de révision
Interface
Après activation de la table, une sous-interface propre est déployée.
Elle reprend la configuration précédente : spécimens sélectionnés disposés sur la table, l'un d'entre eux étant activé. La caméra est automatiquement positionnée perpendiculairement à la table, quelques centimètres au-dessus de celle-ci et propose une vue nadir.
Le déplacement de la caméra n'est plus autorisé : on passe en caméra fixe objective (third person shooter) et les interactions utilisateur/-trice ont à présent pour but de manipuler les spécimens.
La configuration initiale avant l'activation de la table est cependant maintenue. On retrouve :
plein centre, les fossiles sélectionnés, accompagnés de leur étiquette ;
à gauche, la palette de sélection qui rappelle les éléments en présence et lequel des spécimens sélectionnés est activé ;
en bas à droite, la plaque d'activation/désactivation de la table.
Les nouveaux éléments sont :
en bas au centre, une plaque regroupant les modes de visualisation disponibles et les voyants d'activation de la documentation connexes (légendes et coupes) ;
toujours en bas, une petite plaque à gauche proposant un mode de visualisation particulier : le mode solo.
Manipulation des spécimens
Les spécimens sont des modèles 3D, et peuvent pour faciliter leur observation être manipulés par rotation, translation et zoom.
Chaque spécimen présent sur la table peut être manipulé de la manière suivante : le clic d'entrée sur un spécimen l'active et les mouvements de la souris ne portent alors que sur lui. L'activation successive de tel puis de tel spécimen se répercute dans la palette de consultation à gauche, à l'instar de ce que l'on a pu voir dans la phase préalable de sélection des spécimens. Le changement du spécimen activé entraîne une légère translation horizontale de la caméra, de manière à recentrer la vue sur le spécimen sélectionné.
L'étiquette contenant les informations nécessaires à l'identification des spécimens suit toujours le modèle associé, pour éviter naturellement les mélanges et confusions.
Il est possible de "remettre de l'ordre" sur la table en la désactivant puis la réactivant. Les spécimens retrouvent alors leur disposition et leur configuration initiales.
Modes de visualisation
Par défaut les spécimens sont présentés :
dans la configuration initiale et complète de l'interface de la table de révision ;
avec une texture qui reflète de manière opaque les tissus osseux et dentaires.
Des visualisations alternatives sont néanmoins disponibles.
Mode solo
La profusion de spécimens et de leurs étiquettes, de même que la présence de certains éléments du décor, peut parfois s'avérer gênante. Le mode solo permet de simplifier l'interface, afin de se concentrer sur le spécimen activé, en évacuant les éléments suivants :
tous les spécimens à l'exception de celui qui est activé ;
toutes les étiquettes, y compris celle du spécimen activé ;
tous les éléments inutiles de la table ainsi que le sol.
Seuls demeurent dans ce mode, sur un fond noir :
le spécimen activé sans son étiquette
les deux plaques permettant de changer le mode de visualisation et d'accéder à la documentation connexe.
Visualisation des épaisseurs d'émail
La partie haute de la plaque centrale permet de modifier la texture des spécimens. Comme on l'a vu, une texturation opaque des tissus osseux et dentaires est proposée par défaut.
Les microscans ayant été segmentés, il est notamment possible de révéler, de manière alternative, les cartes d'épaisseur d'émail, en activant le voyant ad hoc. Comme il est d'usage, la colorimétrie passe de la couleur la plus froide (bleu), puis au vert, au jaune pour atteindre la couleur la plus chaude (rouge), dans le sens de l'épaississement de l'émail dans la zone considérée.
Ce mode de visualisation est accessible pour les dents isolées, de même que pour les séries dentaires en place dans les crânes et mandibules.
Il est à tout moment possible de revenir au mode de visualisation précédent, de même que de passer en mode solo.
Visualisation des différents tissus dentaires
Il est également possible d'observer de manière simultanée l'ensemble des tissus en présence, y compris les tissus interne (os, émail, dentine, cément, pulpe), en activant le mode "Tissus translucides".
Ce mode propose des texturations translucides permettant de comprendre la géométrie des différents tissus emboités. Chaque tissu présente une couleur propre :
la pulpe en rouge ;
la dentine en jaune ;
le cément en brun ;
l'émail en vert ;
pour finir l'os est en noir, pour accentuer la visibilité de l'ensemble des tissus dentaires.
En outre, l'activation du mode "Tissus translucides" laisse apparaître un complément de commande, composé de 5 curseurs colorés, un pour chaque tissu. Ceci a pour but de régler finement la translucidité de chaque tissu, de transparent à opaque, en fonction de ce que l'on souhaite observer et des spécimens sélectionnés sur la table de révision.
Le réglage du tissu osseux présente une particularité : lorsqu'il devient complètement transparent, l'emprise du spécimen disparait alors. Pour conserver la possibilité de manipuler le modèle 3D, ainsi privé de sa surface visible, cette dernière est remplacée par un contour lumineux.
Documentation connexe
Légendes
Chaque spécimen est documenté par un système de légendes, 3D ou 2D, qui peut être activé grâce au voyant ad hoc, au bas de la plaque centrale de la table de révision. Cet ensemble comporte plusieurs éléments :
une échelle graphique 3D de 5 cm de longueur, disposée à côté de chaque spécimen ;
dans le cas des dents isolées, un cube permettant d'orienter et de latéraliser la dent ;
des sphères numérotées, avec légendes associées, qui marquent des caractères anatomiques remarquables et contribuent à la détermination anatomo-taxinomique du spécimen ;
une fiche documentaire PDF qui rassemble la description complète du spécimen.
Les sphères de légende, l'échelle et le cube de latéralisation sont des extensions 3D du spécimen et à ce titre suivent ses mouvements.
Le cube de latéralisation porte sur chacune de ses faces une lettre capitale qui correspond à la première lettre de la face correspondante. Ainsi on retrouve les faces :
O = occlusale ;
A = apicale ;
M = mésiale ;
D = distale ;
L = linguale ;
V = vestibulaire.
L'orientation de la dent est à rapporter à celle du cube.
Tous les systèmes de légendes des spécimens sélectionnés de la table apparaissent simultanément à l'activation du voyant ad hoc, à une exception près : pour des raisons d'encombrement, il s'agit de la fiche documentaire de spécimen qui n'est disponible pour un spécimen donné qu'à l'exclusion de toutes les autres, en fonction du spécimen activé.
On peut faire varier la taille de la fiche spécimen grâce au scroll de la molette de la souris, pour adapter la visibilité. Quoi qu'il en soit, une version PDF de la fiche peut être ouverte dans l'application paramétrée par défaut dans le système d'exploitation de l'étudiante ou de l'étudiant (Adobe Acrobat, navigateur, viewer, etc.), grâce au bouton situé en haut à droite de la fiche.
Coupes microtomographiques (micro-CT)
Une toute dernière commande permet de faire apparaître et défiler la pile de coupes micro-CT qui ont permis la segmentation et la reconstruction 3D de chaque spécimen. Elle se situe en bas à droite de la plaque centrale de la table de révision.
La pile du spécimen activé apparait en haut à droite de l'écran. Comme pour la fiche documentaire, une seule pile d'images est visualisable à la fois : on peut faire apparaître les piles de tous les spécimens sélectionnés en les activant successivement. Toujours à l'instar de la fiche documentaire, la taille des coupes micro-CT peut être modifiée par un scroll molette sur la pile.
Le défilement des coupes s'effectue grâce aux flèches gauche et droite. Le plan de coupe est matérialisé au niveau du spécimen lui-même.
Il est à noter que les options "Légendes" et "Coupes" sont mutuellement exclusives, pour des raisons d'encombrement écran.
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